通行费专用电子票据可以作为报销发票吗?

可以，根据《国家税务总局关于推行通过增值税电子发票系统开具的增值税电子普通发票有关问题的公告》(税务总局〔2015〕84号)公告，电子发票的法律效力和基本用途与纸质发票相同，可以正常报销。

通行费发票要附通行明细清单吗?

可以两样都作为记账凭证的附件。